分居三年可以直接办理离婚吗

可以。
一、分居三年是不是可以申请离婚
1、分居三年可以申请离婚，夫妻双方自愿离婚的，可以协议离婚，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记;夫妻一方要求离婚的，可以直接向人民法院提起离婚诉讼。
2、法律依据：《中华人民共和国民法典》
第一千零七十六条 夫妻双方自愿离婚的，应当签订书面离婚协议，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。
离婚协议应当载明双方自愿离婚的意思表示和对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的意见。
第一千零七十八条 婚姻登记机关查明双方确实是自愿离婚，并已经对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的，予以登记，发给离婚证。
第一千零七十九条 夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。
人民法院审理离婚案件，应当进行调解;如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
二、证明夫妻分居的常见证据有哪些
1、一方在外居住的房屋租赁合同;
2、双方签订的夫妻分居书面协议，一定是要书面的，口头协议必须对方承认;
3、一方向另一方发出的书面分居文书，最好是用快件性质邮寄，在备注栏里注明“分居”，并且保留邮寄凭证，从邮寄之日起到提起离婚期间属于夫妻分居时间;
4、双方来往的书信、电子邮件等能证明双方感情不和分居的事实;
5、人证也可以，比如双方都认识的朋友或者亲戚，不过因为证人往往和为其作证的一方有利害关系，以及分居是夫妻“私事”，所以单独的证人证言难为法院采信，要辅佐以其他的证据。
婚后出现了任何问题，都是可以与对方协商来办理离婚的，如果婚后出现了长时间的分居或者感情不合的情况后可以向法院提出诉讼离婚的申请，在提交诉讼请求时要向法院提交双方分居的证据以及感情不合的证据，一般可以提交人证、双方的书信来往等证据的。
二、分居多久可以离婚
夫妻双方因为吵架等家庭琐事的原因，一方从家中搬出满两年的，是否就算自动离婚呢?答案是否定的。
事实上在我国，解除婚姻关系的合法途径一般有三种：
1、到婚姻登记机关办理离婚，由登记机关收缴结婚证，颁发离婚证，结婚证或离婚证均是公民个人婚姻状态的法律凭证
2、由人民法院判决离婚，即通过诉讼途径解除当事人的婚姻关系
3、这是一种是非常态的，即婚姻一方当事人死亡或是被人民法院宣告死亡的，则婚姻关系自然终止。
三、法院在什么情况下才会判离婚
1、法院如何认定夫妻分居?
共同生活是夫妻双方的基本权利和义务，如果长期不在一起生活，夫妻关系只是名分。因此，法律规定因感情不和分居满两年，法院应当准予离婚。但是，要注意，必须是因为感情不和导致分居，并且满2年的时间，法院才会予以判离。
2、法院认定夫妻分居的条件有三个：
(1)夫妻分居，包括因感情不和而导致的不在一处居住，不履行夫妻之前的权利、不过夫妻性生活。当然以上事实要用证据证实，或对方承认。如果只有一方另行租房的租赁合同，或是夫妻同在一个屋檐下、一套房子住、事件中是不是分床不好说清，法院也不好认定为分居。
(2)分居的原因是因感情不和。有些情况下，很难说清分居是不是因为感情不和。比如当事人一方在国外，4年未归，一方在国内;或者乙方在上海，另一方在北京，不愿意离婚的一方万千可以说是因为工作的原因而不是感情问题导致分居的，这会对法院认定带来障碍。因此，必须收集其他相关证据是的法院确信感情不和的因素存在才可以判离。当然实践中，这是困难的。
(3)分居已满两年。从可以证实已经分居的事件开始算起，到起诉时已满2年，才可以构成法定判离的因素。
法律依据：
《中华人民共和国民法典》
第一千零七十六条 夫妻双方自愿离婚的，应当签订书面离婚协议，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。
离婚协议应当载明双方自愿离婚的意思表示和对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的意见。
第一千零七十八条 婚姻登记机关查明双方确实是自愿离婚，并已经对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的，予以登记，发给离婚证。
第一千零七十九条 夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。
人民法院审理离婚案件，应当进行调解;如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。