南沙岛礁吹填造陆的过程，模仿珊瑚礁自然生长、成熟的过程进行。根据珊瑚礁盘内外不同的特性选择施工方式，礁盘内部泄湖中的珊瑚，其生长过程是从泄湖到沙洲到礁岩的自然硬化。施工中没有排放浑浊水，并采取先围后吹的办法，加速珊瑚礁硬化过程。
为了保护好珊瑚礁，建设单位与中科院合作，在人工繁殖珊瑚领域取得了突破。此外，还人工养殖砗磲、海藻、大法螺、海参等对珊瑚生长有益的多种海洋生物，优化珊瑚生长环境。
“在无土壤、无养分的岛礁上开展绿化工程是史无前例的世界性难题。”中交建永暑项目经理石海旭说，原来岛礁“土壤”主要是珊瑚砂，颗粒大、盐分高、养分少，根本不适合普通植物。但是岛礁上的陆地面积达到一定规模后，就会自然形成淡水晶体。目前，岛礁新造陆地经过雨水渗透后，珊瑚砂的盐分减少了90%，已基本达到植物的生长要求。
“岛礁淡水环境形成后，经过反复试验，已经试种成活30多种植物。”中交建海南生态岛项目部党委副书记唐坚乐说，南沙岛礁已栽种包括马尾葵、羊角树、木棉、樱桃、棕榈等近20种植物。南沙种植的植物中，成活率最低的鸡冠刺桐也达到了86.5%的发芽率。
建筑生活垃圾“零排放、零污染”
在南沙岛礁建设中，高度重视环境保护，想方设法减少污染物排放，严格进行环境保护，并提出构建岛礁闭合型生态系统的新理念。
唐坚乐介绍说，由于参与建设单位多，存在建筑垃圾、生活垃圾、污水、扬尘、卫生防疫等环保整治问题。针对这些突出问题，中交环保提出“壳装化、移动化、资源化、全覆盖、零排放”的岛礁环保整治目标。在每个岛均成立“岛礁环保综合整治运营中心”，近千名环保人员昼夜轮换值班，运营中心全部采用壳装化、可移动专业环保装备，处理生活垃圾、建筑垃圾和污水，实现了岛礁餐厨垃圾、建筑垃圾、污水处理的循环利用。
经过近一年时间的环境整治，目前岛礁上已经实现了建筑和生活垃圾合理分类处理。生活垃圾中，塑料瓶、易拉罐等可回收废弃物被压缩打包运回陆地。对于不可利用部分，放入焚烧炉中进行焚烧消减，经过二次燃烧废气达标排放，产生的废渣封闭后运回陆地。建筑垃圾产生量大，环保部门对废弃混凝土块、废旧钢筋、管材、木料等进行分门别类处理。此外，餐厨垃圾、人体及禽畜的排泄物全部收集进行无害化处理，并最终形成无味初级肥料，用于岛礁绿化种植。
自然生态系统加速形成
“以前南沙看不到鸟类，我们聘请了鸟类专家想引进合适的鸟类。没想到永暑绿化之后，鸟飞来不走了。”参与建设的人士介绍，南沙建设中由于采用许多生态保护新措施，岛礁的生态系统正在加速形成。
比如说，在岛礁植树绿化过程中，最初是想从大陆运来土壤种树，但是考虑到大陆的土壤成分与岛礁的珊瑚砂差异太大，可能破坏岛礁的“原生态”，于是放弃了这个想法，仅运来少量营养土增肥，现在种在珊瑚砂里的植物都成活了。
唐坚乐说，由于南沙阳光充沛，季风期特别长，目前正在试验发展风能和太阳能，今后要做到用可再生能源满足岛礁的电力需求，进一步减少排放。
据介绍，珊瑚礁是一个活的生态系统，南沙珊瑚礁的基础非常坚实，外围珊瑚礁的硬度超过了花岗岩，并且在快速生长。随着岛礁生态系统的不断改善，岛礁的基础会更加坚实壮大。南沙岛礁的建设取得了许多科技成果，已经申报了60多项国家专利，同时还将申报国家科技进步奖，这是我国在世界范围内为吹填造岛和生态绿化作出的突破性探索和卓越贡献。
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