生态系统和景观生态学：运用系统模型分析，在不同时空尺度上调查系统结构和功能研究生态系统结构和功能之间的关系进行研究。其研究理论与实际并重，主要包括以下几个方面：景观时间尺度上的动态，包括系统的物质流和能量流、系统成员在宏观组织层次上的相互关系、景观调整和恢复、景观规划及政策。
生态毒理学：综合运用流体力学、生态学、毒理学、药理学、种群，群落生态学、生理学、生物化学等学科知识解决污染物所引起的生态问题。主要关注各种水平上的污染效应，以及解决污染问题的理论和实际方法。
人类生态学：主要是运用生态学和进化的基本原理对人类种群和人类行为进行研究。
恢复生态学：研究重点主要是退化环境中生态系统成员在结构和功能上的变化，为生物群系重建和生态系统的恢复提供一些理论依据及实践方法。同时还研究如何针对不同的靶物种、生态系统、景观采取不同恢复策略以及恢复后如何保持可持续发展。
综合生态学：充分运用政治、文化、经济、心理、行为、理化、计算科学等领域的知识，在生态学基本理论、应用生态学的基本原理和方法指导下解决一些与人类社会发展息息相关的重大问题，如可持续发展策略、自然保护、资源和环境政策等。
生理生态学：有两个研究重点：其一是功能结构比较，主要研究生物各器官的功能以及不同物种器官在结构、功能上的异同并在此基础上探讨物种间的亲缘关系;其二是研究在环境变动下，生物生理生化的相应的变化和适应性。
种群生物学：主要研究种群的增长、结构和动态的基本理论和运用;种间关系;群落生态学;食物网理论;行为生态学;生活史对策;系统进化;种群数量遗传学;分子进化等。
美国生态学专业申请难度分析
美国生态学专业的申请正在逐步升温中，在以往申请中，申请这一专业的人较少。该专业很看重研究经历，如果在这方面有很好的科研经历的话，建议多尝试与教授进行陶瓷。另外还需要注意以下问题：
1. 关于硬件条件。生态学专业排名前十的学校大多数不会要求申请者提交GRE生物科目的专项考试成绩，但据往年的录取状况来看，学校多半十分看重该专项考试成绩，所以建议大家在时间允许的情况下一定要参加此项考试。可以说,专项考试是美国学校衡量申请者专业能力的重要指标，在其他条件相当的情况下，GRE sub成绩往往能起到决定性的作用。
2. 关于申请背景。由于生态学的大部分研究方向都和生物学紧密相关，因此对于国际学生来说，如果能具有一定的生物学背景或参加过国内乃至国际的生态学或生物学研究项目，被录取的几率将大大增加。
3. 关于学位选择。排名前十的学校一般只提供生态学方向的博士学位，加之生态学属于基础学科，各学校的博士毕业生大多会选择在高校任教，就业面相对狭窄，因此申请者在申请之前必须慎重考虑是否愿意把从事生态学方面的学术研究作为终生的目标。
美国生态学专业部分院校的研究方向
(1)University of Chicago
芝加哥大学生态学与生物进化系隶属于生物科学学院,多年来一直位居美国生态学研究的榜首。该系极为强调实证研究方法,注重运用大量数据和模型来拓展理论研究,其研究主要集中于生态学的基础理论,同时也兼顾应用层面。目前系内的研究方向主要包括群体遗传学(population genetics)、分子进化(molecular evolution)、定量遗传学(quantitative genetics)、动物行为(animal behavior)、植物与动物生态学(plant and animal ecology)、进化理论(evolutionary theory)等。
芝加哥大学生态学与生物进化系规模不大,但系内精英辈出,海洋生态学的权威Timothy Wootton教授、著名环境生态学专家Trevor Price教授都执教于此。提出红色皇后假说*的生态学泰斗Leigh Van Valen教授更是镇系之宝。
(2)Harvard University
哈佛大学生态学研究隶属于有机生物学与进化生物学系,虽然没有独立的系科建制,但哈佛大学的生态学研究一直位居美国乃至世界各大学前列。研究领域主要包括:维管束植物环境生理学(Environmental Physiology of Vascular Plants)、共生性真菌扩张范围研究(Range Expansions of Symbiotic Fungi)、资源分区和进化多样性(Resource Partitioning and Evolutionary Diversification)、动物种群的个体活动行为及其空间分布(Individual Movement Behavior and the Spatial Distribution of Animal Populations)、与气候变化相关的地球生态系统 (Terrestrial Ecosystems in Relation to Climate Change)。
哈佛大学生态学专业拥有众多知名的学者,包括1974年发现恐爪龙标本的著名生态学与生物进化学家Farish A. Jenkins教授、著名微生物生态学家Colleen Cavanaugh教授和海洋生态学权威James J. McCarthy教授。
(3)University of California at Berkeley
加州大学伯克利分校生态学系目前有全职教授近50人,研究领域主要包括生态系统科学(Ecosystem Sciences)、有机体与环境(Organisms and Environment)、综合生物学(Integrative Biology)、地理学(Geography)、景观建筑与环境规划(Landscape Architecture and Environmental Planning)、植物与微生物学(Plant and Microbial Biology)。
就研究领域而言,加州大学伯克利分校生态学系已从传统的生态学理论研究逐步扩展到包括生物学、地理学、建筑学、动物学、植物学等交叉学科研究领域。多样化的研究领域吸引了大批生态学权威专家来此执教,如著名动物生态学家Justin Brashares教授、环境保护学家与昆虫学家Claire Kremen等。
(4)University of California at Davis
加州大学戴维斯分校进化与生态学系是美国规模最大的生态学研究基地,目前拥有全职教授125人,在读研究生超过200人。系内设有全面、系统的科研与课程体系,包括农业生态学(Agricultural Ecology)、保护生态学(Conservation Ecology)、生态系统与景观生态学(Ecosystems and Landscape Ecology)、生态毒理学(Ecotoxicology)、环境政策与人类生态学(Environmental Policy and Human Ecology)、综合生态学(Integrative Ecology)、海洋生态学(Marine Ecology)、生理生态学(Physiological Ecology)、恢复生态学(Restoration Ecology)等研究方向。进化与生态学系还与圣地亚哥州立大学设有联合授课的博士学位项目。
(5)Duke University
杜克大学生态学项目拥有来自环境学院、生物学系和人类进化学系的100余名全职教授,研究领域主要包括行为生态学(Behavioral Ecology)、生态系统生态学与生物地球化学(Ecosystem Ecology and Biogeochemistry)、进化生态学与遗传学(Evolutionary Ecology and Genetics)、种群生态学(Population Ecology)等。
(6)Cornell University
康奈尔大学生态学与进化生物学系拥有全职教授近60人,研究方向主要包括生物地球化学与生态系统科学(Biogeochemistry and Ecosystem Science)、群落生态学(Community Ecology)、种群生物学(Population Biology)、有机体生物学(Organismal Biology)、进化遗传学(Evolutionary Genetics)、宏观进化与分类学(Macroevolution and Systematics)。
(7)Stanford University
与其他名校的生态学专业不同,斯坦福大学与卡耐基基金会在2002年共同创建了全球生态学系,主要研究地球生态系统、土壤、大气和海洋之间的相互关系。系内现有在职教授近60人,拥有四个世界一流水准的实验室,设有海洋生态学(Marine Ecology)、综合生态学(Integrative Ecology)、生态系统科学(Ecosystem Science)、种群生态学(Population Biology)等研究方向。
(8)Princeton University
普林斯顿大学生态学与进化生物学系创建于1990年,目前拥有全职教授18人,另有38名博士后研究人员。该系研究领域主要包括生态学与环境保护(Ecology and Conservation)、进化与遗传学(Evolution and Genetics)、行为与生理学(Behavior and Physiology)。
(9)University of Texas at Austin
得州大学奥斯汀分校生态学、进化与行为专业隶属于生物科学学院,目前拥有全职教授近50人,研究领域包括行为学(Behavior)、生态学(Ecology)、进化学(Evolution)、分类学(Systematics)和基因组学(Genomics)。
(10)University of Georgia
乔治亚大学拥有独立的奥德姆生态学院,学院成立于2007年,是在乔治亚大学生态学研究所的基础上组建的,也是世界上第一个独立的大学生态学院。奥德姆生态学院目前拥有全职教授50余人,下设传染病学(Infectious Diseases)、生态系统生态学/生物地球化学(Ecosystem Ecology/Biogeochemistry)、水上运动/水域生态学(Aquatics/Watershed Ecology)、进化生态学/ 生物地理学(Evolutionary Ecology/Biogeography)、可持续发展(Sustainability)五大核心研究领域。
(11)Colorado State University
研究方向：恢复生态学、群落生态学、景观生态学、生态风险评估、生态系统生态学保护生物学等
(12)Frostburg State University
研究方向：哺乳动物行为生态、鸟类行为生态、鸟类保护、污染生态和水资源恢复、生态系统营养动态模拟、景观生态、生态应用理论
(13)Idaho State University
研究方向：鱼类生态学、溪流生态学、群落生态学、动植物相互关系、鸟类行为生态
(14)Illinois State University
研究方向：热带稀树草原植被生态恢复、植物系统中花的形态、功能和净化、生物地理、鸟类保护、植物种群遗传、鸟类种群、行为和进化生态、昆虫生态学
(15)Indiana University
研究方向：能量生态学、湿地生态学、污染条件下生物的修复机制、工业污染生态学、国际环境政策、环境管理
(16)Louisiana State University
研究方向：鱼类习性及保护、河口生态系统营养物质的循环及管理、鱼类生理生态和生命史、生物地理和古生物地理、海岸生态系统、湿地生态学、热带生物群落
(17)Montana State University
该校的研究主要关注Northern Rocky Mountain 地区的陆地和水体生态系统。
研究方向：数学生态学、环境模型建立、人类干扰对脊椎动物生物多样性的影响、景观生态、鱼类行为、鸟类种群动态、种群内基因变化
(18)North Dakota State University
研究方向：有害脊椎动物控制、农业害禽预测和控制、海鸟行为生态、鸟类育雏行为、淡水生态、湿地生态学等
(19)Ohio State University
该校生态学的研究着重于较大尺度上生态环境的变化过程以及一些具体的应用生态学。
研究方向：水生、陆地、及湿地生态系统、生态毒理学、环境评估、生态模型、古生态学、污染生态学、全球及局域生态环境变化、生态工程、水土流失机制及其过程、水土管理、地理信息系统、景观恢复、放射性废物的处理及管理、生物地化循环、生态经济、生态微进化
(20)Pennsylvania State University
研究方向：鸟类生态、人类对鸟类种群的影响、鱼类生理、行为及种群动态、外寄生虫的生态及进化、生物多样性、热带生态学、北美淡水鱼生态、野生动物群落及保护
(21)Texas A&M University
研究方向：资源管理、资源利用和旅游业可持续发展的管理、恢复生态学、湿地生态学、流动水域中的种群和群落、用分子遗传学的方法对生物多样性的研究、自然保护区管理、西印度群岛热带生态学及生物保护、鱼类种群和群落生态学