第一：新教材作为一门分科课程注重了知识的相对独立性和逻辑结构，注重了教学的认知功能和发展学生的智力因素。概括地讲，分科课程组织的逻辑起点是知识，新教材删减了一些难懂的内容，融合了一些新的时代信息，使学生需要掌握的死知识点大大减少，但是总体上看来知识整合的力度不大，主要是对于历史知识的内部结构进行了重组和改造，缺少了知识的普遍联系性和综合性。如新教材删除了原始社会、奴隶社会、封建社会三种社会形态的叙述，确实降低了教学的难度，但是忽略了历史知识的连贯性和系统性。
第二：新教材的编写虽然避免了“繁、难、偏、旧”的问题，但是由于教材时间跨度大，包含了整个中国古代史，知识面面俱到，所以在一些问题上出现了过于简单的现象，使学生接受的信息量在一定程度上减少，学习的深度也不够。如时间线索不明、教材跳跃性太大等。另外教材的插图也过于平淡，不利于激发学生兴趣。
第三：新教材在编排方面，存在一些知识性的错误，如七年级《历史》教材上册第69页这一章节讲述的是春秋战国时期齐、燕、赵、魏等各国的政治、经济、军事状况，其中讲到齐刀币、燕刀币还有赵国和魏国的布币时，教材配了插图。插图里齐刀币是对的，课本插图中齐国刀币的图像和实物是完全一样的。而燕国刀币就不对了，燕刀币印成了齐国的五字币，燕国刀币应该是刀形又薄又小，插图中却把它印成齐国的又厚又大的五字币。而且插图中魏国的布币印成了赵国的布币，赵国的布币却印成了魏国的布币，把魏国货币和赵国货币张冠李戴了。
第四：就教材内容而言，本套教材的某些章节适合大中城市等各方面比较发达的地区，而不适合小城镇与广大农村。其一，教辅资料缺乏，与教科书配套的教师用书、教学挂图、灯片、光盘、软件等在当地无处购买。其二，学生配套的阅读材料和练习材料没有购买到。因此，“面向全体”也就成了一句空话，“以人为本”也就失去了意义。
总之，新教材的编排不全如人意，仍有待于进一步完善。