1、根部不同，根芹菜的根膨大，肉质的，呈圆形，可食用。而芹菜的根部是浅根系，分布广泛，根系不可食用。
2、叶片不同，根芹菜的叶片是一两回的羽状全裂，芹菜叶生长在茎基部，边缘为锯齿状。
3、分布不同，根芹菜栽培的少，而芹菜分布广泛。