免税企业收到专票的处理方式如下：
1、免税企业收到专用需到税局认证，认证后作进项税转出处理；
2、借：应交税金-应交（进项税），贷：应交税金-应交（进项税转出）。
专票的作用：
1、专用是商事凭证、也是完税凭证。在商品买卖交易中，由于我们国家现行的税收制度是凭购进税款扣税的，购货方要向销货方支付；
2、而购货方能够凭借相关的，向有关部门依法申请认证以此来抵扣进项税款，从而能够达到降低应纳税额的目的，对企业来说能够起到增加盈利的一个作用。
综上所述，专用是由国家税务总局监制设计印制的，只限于一般纳税人领购使用的，既作为纳税人反映经济活动中的重要会计凭证又是兼记销货方纳税义务和购货方进项税额的合法证明；是计算和管理中重要的决定性的合法的专用。
【法律依据】：
《中华人民共和国暂行条例》第二十一条
纳税人发生应税销售行为，应当向索取专用的购买方开具专用，并在专用上分别注明销售额和销项税额。
属于下列情形之一的，不得开具专用：
（一）应税销售行为的购买方为消费者个人的；
（二）发生应税销售行为适用免税规定的。