我国的民事诉讼法规定，一般情况下，起诉方可以通过以下证据来证明夫妻双方已经分居两年：1、分居一方在外居住的房屋租赁合同；2、夫妻分居的书面协议。如果是口头协议的，那么要获得另一方的承认；3、双方沟通的书信、电子邮件等可以证明双方感情不和、分居的事实；4、人证，或者证人证言。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国民事诉讼法》 第六十三条规定，证据包括：
(一)当事人的陈述;
(二)书证；
(三)物证；
(四)视听资料；
(五)电子数据；
(六)证人证言；
(七)鉴定意见；
(八)勘验笔录。
证据必须查证属实，才能作为认定事实的根据。