两罪都是特殊主体，都表现为徇私枉法，都侵犯了国家机关的正常活动。但两罪之间的区别是明显的：
（1）主体不同。本罪的主体是行政执法人员；后罪的主体是司法工作人员。
（2）客观行为不同。本罪是利用行政执法的职权，对依法应当移交司法机关追究刑事责任的不移交的行为；后罪则表现为利用司法职权，违背事实和法律，作刑事枉法追诉或者枉法裁判的行为。
（3）本罪侵犯的直接客体是行政机关的行政管理、行政执法活动；后罪侵犯的直接客体是司法机关的正常活动。
一、放纵走私罪认定
1、区分本罪与非罪的界限
如果行为人主观上不是明知，而是由于其业务知识、经验不足，或者是调查研究不够充分，工作作风不够深入，思想方法简单等造成认识偏颇而发生的错误行为，即使造成一定危害后果的，一般也不构成犯罪，如果情节严重或者造成重大后果而构成其他犯罪的，应以其他相应犯罪论处。
2、本罪在主观方面必须出于故意且具有徇私目的
如果出于过失，玩忽职守而致走私行为得以放纵，或者没有徇私目的，而滥用职权放纵走私的，则只有给公共财产、国家和人民利益造成重大损失时才能构成犯罪，但也不是本罪，而是构成玩忽职守罪、滥用职权罪等。
3、共同犯罪
行为人如与走私犯罪分子相互勾结，利用职权为走私犯罪分子提供方便，构成犯罪的，则应以走私罪的共犯论处。
4、区分本罪与徇私舞弊不移交刑事案件罪的界限
存在以下明显的区别：
1、主体不同。本罪主体仅限于海关工作人员；而后者则为行政执法人员，包括前者在内但比前者广泛得多。
2、客观方面不同。本罪表现为徇私舞弊，放纵走私，情节严重的行为；而后者则表现为徇私舞弊，对依法应当移交司法机关追究刑事责任的不移交，情节严重的行为。显然，本罪一般是纯正的不作为，即对走私行为完全不采取措施，予以放纵；后者则对走私行为作了处罚，只不过是应当移交司法机关而未移交。
3、对象不同。本罪对象为走私分子，既可以是具有走私行为但不构成走私犯罪的一般违法分子，又可以是走私犯罪分子；而后者则必须是走私犯罪分子，否则，即不可能构成其罪。
二、滥用职权罪的认定
1、客体要件：本罪侵犯了国家机关的正常活动。
2、客观要件：本罪客观方面表现为滥用职权，致使公共财产、国家和人民利益遭受重大损失的行为。
3、主体要件：本罪主体是国家机关工作人员。国家机关是指国家权力机关、各级行政机关和各级司法机关，因此，国家机关工作人员，是指在各级及其常委会、各级和各级人民和人民中依法从事公务的人员。
4、主观要件：本罪在主观方面表现为故意，行为人明知自己滥用职权的行为会发生致使公共财产、国家和人民利益遭受重大损失的结果，并且希望或者放任这种结果发生。