纳税人直接到主管税务机关申报，按以下三种不同情况区分申报流程：
1、申报无征税、补税、退税、抵税。该申报流程适用于纳税人在纳税年度内已足额缴纳个人所得税，年度终了后年度纳税申报时，纳税人只需要办理申报事宜，不需要另行办理征税、补税、退税、抵税等事宜；
2、申报征税、补税。该申报流程适用于纳税人在纳税年度内没有足额缴纳个人所得税，年度终了后年度纳税申报时，纳税人还需要办理征税、补税事宜；
3、申报退税、抵税。该申报流程适用于纳税人在纳税年度内多缴个人所得税，年度终了后年度纳税申报时，纳税人可选择申请当期退税或是申请多缴税金留作下期缴纳个人所得税时抵减。
办理退税应当提交的材料有：
1、完税凭证原件和复印件各一份，审核无误后，原件退还纳税人；
2、误征误交税款所属期的个人所得税明细申报表复印件一份；
3、退（抵）税款申请表《企业误交税款退税申请表》一式四份；
4、退税申请，须注明申请退税原因及申请退税金额；
5、发放工资签收单或银行发放单复印件一份；
6、员工聘用合同复印件一份；
7、因事务所、网站等原因误交税款的，需附上述单位出具的《情况说明》；
8、税务机关规定应当报送的其他有关证件、资料。
综上所述，个人所得税的退税要符合规定的程序，在退税办结时，需要出具相关的证明文件。
【法律依据】：
《中华人民共和国税收征收管理法》第五十二条
纳税人超过应纳税额缴纳的税款，税务机关发现后应当立即退还；纳税人自结算缴纳税款之日起三年内发现的，可以向税务机关要求退还多缴的税款并加算银行同期存款利息，税务机关及时查实后应当立即退还；涉及从国库中退库的，依照法律、行规有关国库管理的规定退还。