用人单位因劳动者漏打卡而扣工资，若单位规章制度有相关规定且扣除数额合理，是合法的。违纪行为可由单位处理，严重违纪可解除劳动合同。依据《工资支付暂行规定》第七、九、十六条，工资应按约定支付，劳动关系解除时应一次付清工资。单位可要求劳动者赔偿经济损失，扣除不得超过当月工资的20%。若剩余工资低于最低工资标准，则按最低工资支付。
法律分析
用人单位因劳动者漏打卡而扣工资，如果单位公示的规章制度中有相关规定，且扣除的数额合理的，是合法。对于违纪行为，单位有权作出处理；若严重违纪的，单位还可以依法与劳动者解除劳动合同。
法律依据：《工资支付暂行规定》第七条
工资必须在用人单位与劳动者约定的日期支付。如遇节假日或休息日，则应提前在最近的工作日支付。工资至少每月支付一次，实行周、日、小时工资制的可按周、日、小时支付工资。
第九条
劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。
第十六条
因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。
经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
拓展延伸
雇主能否合法扣除工资因员工忘记打下班卡？
根据劳动法规定，雇主有权扣除员工因忘记打下班卡而导致的工资。然而，是否合法需要具体情况而定。雇主应当在制定相关规定时明确规定忘记打卡的后果，并提前告知员工。此外，雇主还应当确保员工有充分的机会补打卡，并且扣除的金额应当合理且符合劳动法的规定。如果雇主未提前告知或扣除金额过高，可能会被认定为违法扣款行为。因此，建议雇主在制定相关规定时要明确合法性，并在执行过程中遵守劳动法的规定，以确保合法性和公平性。
结语
合法扣除劳动者因漏打卡而导致的工资，前提是用人单位公示的规章制度中有相关规定且扣除数额合理。根据《工资支付暂行规定》第七条、第九条和第十六条，单位有权处理违纪行为，甚至解除劳动合同。然而，雇主在制定规定时应明确后果并提前告知员工，确保员工有补打卡的机会。同时，扣除金额应合理且符合劳动法规定。建议雇主遵守法律规定，确保合法性和公平性。
法律依据
中华人民共和国劳动合同法（2012修正）：第七章 法律责任 第八十四条 【扣押劳动者身份等证件的法律责任】用人单位违反本法规定，扣押劳动者居民身份证等证件的，由劳动行政部门责令限期退还劳动者本人，并依照有关法律规定给予处罚。
用人单位违反本法规定，以担保或者其他名义向劳动者收取财物的，由劳动行政部门责令限期退还劳动者本人，并以每人五百元以上二千元以下的标准处以罚款；给劳动者造成损害的，应当承担赔偿责任。
劳动者依法解除或者终止劳动合同，用人单位扣押劳动者档案或者其他物品的，依照前款规定处罚。
中华人民共和国劳动合同法（2012修正）：第四章 劳动合同的解除和终止 第四十 【违法解除或者终止劳动合同的法律后果】用人单位违反本法规定解除或者终止劳动合同，劳动者要求继续履行劳动合同的，用人单位应当继续履行；劳动者不要求继续履行劳动合同或者劳动合同已经不能继续履行的，用人单位应当依照本法第八十七条规定支付赔偿金。
中华人民共和国劳动合同法（2012修正）：第七章 法律责任 第八十七条 【违反解除或者终止劳动合同的法律责任】用人单位违反本法规定解除或者终止劳动合同的，应当依照本法第四十七条规定的经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。